Lesenswert: Bioinformatik für Anwender

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  • Röbbe Wünschiers

Das Wort „Bioinformatik“ klingt sehr scienes-fiction-mässig. Die Vermischung von Computern und der Biologie. Als fantasiebegabter oder eher medienbeeinflusster Laie kommen einem da schnell gespenstische Bilder in den Sinn, wie Arnold Schwarzenegger mit Titanskelett oder die „Borg“ aus Star Trek. Bei näherer Betrachtung ist diese Wissenschaft zwar bedeutend ungefährlicher, aber sie ist nicht weniger aufregend. Während die „Sequenzanalyse“, der Übereinstimmungs-Vergleich von Genomen, inzwischen ein schon bekanntes Thema ist, gewinnt vor allem „Big Data“ zunehmend an Bedeutung. Schon jetzt wächst das Datenvolumen so stark, dass Excel längst überfordert ist. In der Konsequenz heißt das, dass Biologen sich jetzt zu Big-Data-Experten wandeln müssen, wollen sie mit der Entwicklung irgendwie Schritt halten. Hier setzt Röbbe Wünschiers mit seinem Buch Schnellkurs Bioinformatik an und zeigt gut verständlich aber fundiert, wie man auch als einfacher Computernutzer mit den richtigen Tastenkominationen, den millionenfachen Daten, die richtigen Informationen entlockt.

 

Über den Autor:
Röbbe Wünschies

ist Professor für Biochemie und Molekularbiologie an der Hochschule Mittweida in Sachsen. Er promovierte 1999 in Pflanzenphysiologie in Marburg, forschte als PostDoc in Uppsala/Schweden und habilitierte sich 2006 in Genetik an der Universität zu Köln. Vor seiner Berufung arbeitete er für drei Jahre bei der BASF Plant Science.

 

GIT: Was sind Ihre Forschungsschwerpunkte bzw. wissenschaftlichen Interessen?
Wünschiers: Mein Forschungsinteresse gilt der Dynamik biologischer Systeme. Aktuell untersuchen wir diese sowohl auf zellularer Ebene als messbare Regulation des Transkriptoms, als auch interzelluar auf Basis von Genomanalysen. Die experimentell gewonnenen Daten nutzen wir zur Modellierung und schließlich der Simulation biologischer Systeme. Dabei kooperieren wir eng mit Mathematikern und Physikern.

GIT: Was war der konkrete Anlass das Buch zu schreiben?
Wünschiers: In meiner akademischen Ausbildung habe ich während meiner Diplomarbeit physiologisch, während der Promotion biochemisch und während der PostDoc-Zeit molekularbiologische Methoden gelernt und angewandt.

Mit der Etablierung der DNA-Sequenzierung und Hochdurchsatzanalytik kam immer mehr „Computerarbeit“ dazu. Dabei hat es mir in allen Phasen geholfen, mit Rohdaten zu „spielen“, um Neues zu entdecken und ungewöhnliche Fragen an die Datensätze zu stellen. Dieses Handwerkzeug möchte ich gerne weitergeben.

GIT: Welche Zielgruppen bedient das Buch?
Wünschiers: Das Buch richtet sich an alle, die biologische Grundkenntnisse haben und lernen möchten biologische Daten zu prozessieren, analysieren und visualisieren. Im Zentrum steht angewandte Bioinformatik. Das Buch lehrt folglich keine bioinformatische Theorie oder Algorithmen, sondern die Anwendung dieser zur Beantwortung konkreter Fragen.

GIT: Welche Vorkenntnisse sollte der Leser haben?
Wünschiers: Siehe oben.

GIT: Welche Struktur hat das Buch?
Wünschiers: Das Buch besteht aus den drei Teilen „Vorbereiten“, „Arbeiten“ und „Veröffentlichen“. Im ersten Teil wird gezeigt, wie Linux, z.B. als virtuelle Maschine neben dem Betriebssystem, zum Leben erweckt wird. Darauf folgt eine Einführung in die Welt der Kommandozeile mit ihren hilfreichen „Progrämmchen“ und in die Programmierung. Im zweiten Teil werden fünf Beispiele, unter anderem aus der forensischen Mikrobiologie, RNASeq-Analyse und der Projektion von Daten auf Stoffwechselkarten, „vorgeturnt“. Der letzte Teil stellt das Datenbanksystem MySQL, das Analyse- und Visualisierungsprogramm R und die in den Wissenschaften verbreitete Word-Alternative LaTeX vor. Alle Abschnitte werden mit Fragen und Antworten abgerundet. Zudem liegen alle Materialien und Abbildungen auf datenmassen.de zum Download bereit.

GIT: Wie schwierig ist es, neuen Anwendern die Angst vor Linux zu nehmen?
Wünschiers: Meine jahrelange Lehrerfahrung zeigt zweifelsfrei: es ist einfach – wenn der Lernende durch anschauliche und lebensnahe Beispiele motiviert wird. Darum setzte ich auf die „vorgeturnten“ Beispiele, wo beispielsweise das Genom der Spanischen Grippe funktional analysiert wird. Dazu kommt, dass ich als Biologe spreche. Ich weiß um die Ängste, aber auch um den süßen Geschmack der Früchte aus einer erfolgreichen Datenanalyse.

GIT: Was ist, Ihrer Meinung nach, die größte Hürde im Verständnis der Bioinformatik?
Wünschiers: Die Bioinformatik, wie ich sie in meinem Buch vorstelle, ist eine angewandte Wissenschaft. Aller Anfang einer Anwendung ist ein Anwendungsproblem. Zwar gebe ich im Buch einige vor, aber vorwärts bringen einen erst konkrete eigene Probleme aus dem Reich der Datenanalyse und -visualisierung. Wenn sich dazu Geduld und Lust am Spielen gesellen, dann ist die größte Hürde genommen.

 

Wünschiers, R.
Wiley-Schnellkurs Bioinformatik für Anwender
2016
Softcover
ISBN: 978-3-527-53040-3

Auch in elektronischen Formaten verfügbar!
 

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Hochschule Mittweida
Technikumplatz 17
09648 Mittweida, Sachsen
Deutschland
Telefon: +49 3727 581120

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