Krebsgenomanalyse: DKFZ und IBM schließen Rahmenvertrag

  • DKFZ und IBM unterzeichnen Rahmenvertrag zur Krebsgenomanalyse auf der Cebit 2011: Professor Otmar D. Wiestler, Vorstandsvorsitzender des DKFZ mit Martin Jetter, IBMDKFZ und IBM unterzeichnen Rahmenvertrag zur Krebsgenomanalyse auf der Cebit 2011: Professor Otmar D. Wiestler, Vorstandsvorsitzender des DKFZ mit Martin Jetter, IBM

Das Deutsche Krebsforschungszentrum (DKFZ) und IBM haben auf der CeBIT 2011 einen strategischen Rahmenvertrag zur Genomanalyse unterzeichnet. Ziel der Vereinbarung ist es, die Genomsequenzdaten für Krebsforschung und -medizin nutzbar zu machen. "In den nächsten Jahren wird die Sequenzierung von Krebsgenomen erhebliche Mengen an Daten hervorbringen. Das wird die Diagnose und die Therapie von Krebspatienten grundlegend verbessern", sagt Professor Otmar D. Wiestler, Vorstandsvorsitzender des DKFZ. "Doch um die Erkenntnisse aus der enormen Datenflut auch wirklich nutzen zu können, benötigen wir eine intelligente Informationstechnologie. Sie hilft uns dabei, die wirklich entscheidenden Abschnitte zu erkennen und zu verwerten. Mit IBM haben wir einen idealen Partner für diese große Aufgabe gefunden."

Krebsgenomanalyse
Beim Internationalen Krebsgenomprojekt wird das komplette Erbgut von Tausenden Krebspatienten analysiert (50 Krebsarten bei jeweils 500 Patienten), um die für die Krebsentstehung und -therapie entscheidenden Mutationen zu finden. Dabei fallen enorme Datenmengen an: pro Genom 2,4 Terabyte bzw. 2400 Gigabyte. Das DKFZ ist an drei Projekten des "International Cancer Genome Consortium" (ICGC) beteiligt: Es koordiniert den "PedBrain"-Verbund, der das Erbgut kindlicher Hirntumoren analysiert, sowie die Erforschung der genetischen Ursachen von Prostatakrebs bei jüngeren Patienten und ist Partner im deutschen ICGC-Verbund zur Analyse bösartiger Lymphome. Alle Daten der deutschen ICGC-Projekte laufen bei Professor Roland Eils zusammen, der am DKFZ die Abteilung Theoretische Bioinformatik leitet. Professor Eils baut dazu am BioQuant-Zentrum der Universität Heidelberg eine der weltweit größten Datenspeichereinheiten für die Lebenswissenschaften auf.

Die Kollegen rechnen damit, für die Speicherung der Genomsequenzen Datenspeicher im Umfang von sechs Petabyte in Betrieb zu nehmen.

DKFZ und IBM kooperieren
Der Rahmenvertrag zwischen dem DKFZ und IBM umfasst drei Aspekte des Umgangs mit den riesigen Datenmengen: Zum einen sollen die Daten komprimiert werden, ähnlich wie bei MP3 Files in der Musikbranche. Dazu sollen neue Strategien entwickelt werden, die speziell für Genomdaten zugeschnitten sind. Zweitens suchen die Partner nach Lösungen, um die riesigen Datenmengen aus den Speichern in die Rechner zu transferieren und miteinander zu vergleichen, etwa um häufig veränderte Gene zu identifizieren. Schließlich ist es das Ziel der Genomanalyse, die Ergebnisse für maßgeschneiderte Krebstherapien zu nutzen. Dazu müssen Verfahren entwickelt werden, die Genomdaten mit klinischen Parametern wie dem Fortschreiten der Erkrankung oder dem Ansprechen auf zielgerichtete Medikamente abzugleichen. Eine effiziente Verarbeitung der Daten, die Watson-Technologie, soll dafür sorgen, dass Krebsmediziner die zunächst unstrukturierten Forschungsdaten für therapeutische Entscheidungen verwenden können.

http://www.dkfz.de

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